Piliakalnis (Margio Kalnas) yra Nemuno ir Punelės dešiniajame krante, jų santakos suformuotame kyšulyje. Aikštelė trikampė, pailga R–V kryptimi, 155 m ilgio ir 85 m pločio R gale. Jos Š dalį nuplovė Nemunas, P šlaitus – Punelė. Aikštelės R krašte supiltas 75 m ilgio, 6 m aukščio, 30 m pločio pylimas, už kurio iškastas 60 m ilgio, 30 m pločio, 4 m gylio, 10 m pločio dugne griovys. Aikštelės V gale, 16 m žemiau jos yra 15x23 m dydžio terasa. Šlaitai statūs, 36–44 m aukščio. Po pilies sunykimo aikštelėje XV–XVIII a. stovėjo Punios seniūno dvaro sodybos, privažiavimui XVII a. pylimas buvo per vidurį perkastas, o per griovį įrengtas tiltas. Aikštelėje sodybos stovėjo iki 1938 m., ji buvo ariama. Į Nemuną ir Punelę griūvantys piliakalnio šlaitai buvo tvarkomi 1972, 1991–1997 ir 2000 m. Kartu piliakalnis parengtas lankymui: pašalinta dalis želdinių, įrengtas takas, apžvalgos aikštelė prie pylimo, pastatytas paminklinis akmuo. Dabar piliakalnis dirvonuoja, šlaitai apaugę krūmais.

Į R nuo piliakalnio 3 ha plote yra papėdės gyvenvietė (tyrinėta 1973 m.) su apardytu kultūriniu sluoksniu.

Piliakalnį 1958–1959 ir 1961–1962 m. tyrinėjo R. Kulikauskienė (1191 m²), 1972 m. – J. Markelevičius (61 m²), 1994 m. – Z. Baubonis (10 m²), 2000 m. – V. Kliaugaitė (40,75 m²). Ištyrus bendrą 1282 m² dydžio plotą nustatyta, kad didžioji dalis aptiktų iki 3,5 m storio kultūrinių sluoksnių priklauso XV–XVIII a. dvarvietei. Nustatyta, kad piliakalnio vietoje buvo gyvenama jau akmens amžiuje, gyvenvietė čia buvo ir I tūkst. pr. Kr. (rasta lygios keramikos). Pylimas supiltas per 3 kartus. Pirmasis pylimas buvo 20 m pločio ir tik 2 m aukščio, suplūktas iš molio su šlyno priemaiša. Jo plokščiame viršuje stovėjo ąžuolinis gynybinis statinys, kuris sudegė per gaisrą. Po jo pylimas paaukštintas iki 3,5 m supilant smėlio–molio sluoksnius, ant jo vėl pastatyta medinė gynybinė siena, kuri taip pat sudegė. Trečiame pylimo rekonstrukcijos etape jis paaukštintas dar per 1,7 m užpilant molio sluoksnį, kurį tvirtino taisyklingais keturkampiais sudėti ąžuoliniai tašai. Pylimo gale šią konstrukciją dar tvirtino ir vertikaliai sukasti stulpai. Aikštelėje stovėta medinių pastatų, kurių aptiktos sudegusios liekanos. Jų aplinkoje rasta žiestos keramikos, geležinis pentinas. Daugumą radinių sudaro dvaro laikotarpio statybinės bei interjero detalės, buityje naudoti dirbiniai.

Piliakalnyje stovėjo Punios pilis, kurios apylinkes 1382 m. niokojo kryžiuočiai. Pati pilis minima 1387 ir 1414 m.

Piliakalnis datuojamas XIV a. pabaiga – XV a. pradžia. Dvarvietė jame buvo iki XVIII a. Pasiekiamas pagrindine Punios gatve paėjus 200 m į V nuo bažnyčios (dabar čia eismas uždarytas).

Lit.: Wejtko, 1889, p. 897–898 (IV); Покровскй, 1893, c. 124; Radziukynas, 1909, p. 35–36; Volkaitė-Kulikauskienė, 1961; 1974; Паавер, 1965, p. 42, 54–55, 80; Markelevičius, 1974; LAA, p. 141 (Nr. 612); Gliogeris, 1992, p. 67–68; Kliaugaitė, 2002; Baranauskas, 2003, p. 66, 89.